Изменения во внешней политике советского руководства в период «перестройки» способствовали политическому урегулированию ситуации. Положение в Афганистане после вывода советских войск. Прогнозы Запада, что кабульский режим сразу после прекращения советского военного присутствия падет по причине своей полной нежизнеспособности, а коалиционное правительство группировок моджахедов приведет страну к миру после изгнания «коммунистической чумы», оказались несостоятельными. 14 апреля 1988 г. при посредничестве ООН в Швейцарии СССР, США, Пакистан и Афганистан подписали Женевские соглашения о поэтапном мирном решении афганской проблемы. Советское правительство обязалось до 15 февраля 1989 г. вывести войска из Афганистана. США и Пакистан, со своей стороны, должны были прекратить поддерживать моджахедов.

В соответствии с соглашениями вывод советских войск с территории Афганистана начался 15 мая 1988 года. 15 февраля 1989 года из Афганистана полностью выведены советские войска. Выводом войск 40-й армии руководил последний командующий ограниченным контингентом генерал-лейтенант Борис Громов. Это событие не принесло мира, так как различные группировки моджахедов продолжали бороться за власть между собой.

По уточнённым официальным данным, безвозвратные потери личного состава советской армии в Афганской войне составили 14 427 человек, КГБ – 576 человек, МВД – 28 человек погибшими и пропавшими без вести. В ходе войны было раненых – 49 984, пленных – 312, интернированных – 18 человек. Ранения и контузии получили св. 53 тыс. человек. Значительное число людей, которые поступали в госпитали на территории СССР, скончались от последствий тяжелых ранений и травм. Эти лица, скончавшиеся в госпиталях, не вошли в число официально озвученных потерь. Точное число погибших в войне афганцев неизвестно. Имеющиеся оценки колеблются от 1 до 2 млн. человек.

После вывода Советской армии с территории Афганистана просоветский режим Наджибуллы (1986-1992) просуществовал еще 3 года и, лишившись поддержки России, был свергнут в апреле 1992 года коалицией полевых командиров-моджахедов. В годы войны в Афганистане появилась террористическая организация Аль-Каида и окрепли группы исламских радикалов.

В целом советские войска не испытывали особых трудностей в ведении военных действий на территории Афганистана – главная проблема состояла в том, что военные победы не подкреплялись политическими и экономическими действиями правящего режима. Оценивая последствия афганской войны, можно отметить, что выгоды от вмешательства оказались ничтожно малы в сравнении с ущербом, нанесенным национальным интересам СССР и России. Интервенция советских войск в Афганистане вызвала резкое осуждение большей части международного сообщества (включая США, Китай, страны-члены Организации Исламская конференция, в том числе Пакистан и Иран, и даже некоторые соцстраны), ослабила влияние СССР на Движение Неприсоединения, ознаменовала конец «эпохи разрядки» 1970-х гг., привела к усилению экономического и технологического давления на СССР со стороны Запада и даже в какой-то степени усугубила кризисные явления в самом СССР.

Война в Афганистане привела к многочисленным жертвам, растратила огромные материальные ресурсы, дестабилизировала положение в Центральной Азии, способствовала усилению ислама в политике, активизации действий исламского фундаментализма и международного терроризма. Фактически эта война явилась одним из факторов поражения Советского Союза в «холодной» войне. Если уж говорить об уроке, то действительно урок мужества и доблести преподал нам афганский народ в борьбе за свои вековые традиции, культуру, религию, Родину. А всякую доблесть следует прославлять и восхищаться ею даже у противника. Главный вывод, сделанный из афганской войны, состоит в том, что политические, в основе своей, проблемы невозможно решить военными методами.